En caso que no tengas stock del producto ligado a la suscripción, tienes 3 alternativas:
Puedes "pausar" la suscripción a tiempo, para que no se generen nuevas ordenes con este producto. Luego podrás reanudar la suscripción.
Permitir que se genere la orden, y esperar a re-stockearte para despachar el producto.
Si ya se generó la orden también puedes simplemente generar un reembolso al cliente.